Una cosa no me queda clara es el tipo de cifra que se utiliza.
Desde luego no es la cifra general de Felipe II pues, como se puede ver en el trabajo, utiliza varios signos para cada letra para evitar el análisis de frecuencias. Un vocabulario así nos daría un número de signos significativamente mayor (cerca de cincuenta) eso sin tener en cuenta el silabario.

Eso me hace pensar que podría tratarse de un texto cifrado solo con un salabario, en el que las vocales se representarían como signos añadidos a las consonantes (como el arco alargado que aparece encima de muchos signos). Veo muchos signos repetidos pero que llevan encima un punto, una coma o el arco alargado que acabo de mencionar.

El uso de un silabario en el que sistematicamente cada vocal es la misma variacion en un signo que representa la consonante supone una debilidad del sistema, según afirma en el trabajo.

Voy a ponerme a buscar qué signos de estos se repiten más porque es posible que se trate de el digrama "es", que es el que más se repite en los textos que habéis analizado.

No me parece útil crear símbolos para digramas como RT como elementos para componer textos cualesquiera.

El Girolamo Sirtori, o Hieronimus Sirturi, quizá no sea nuestro hombre. Su principal obra sobre el telescopio se publicó en 1618, cuando Felipe II llevaba 20 años muerto. Es posible que, siendo una mente clara, hiciera algún trabajo en criptografía cuando era joven. El caso es que no he podido encontrarn la fecha de nacimiento de este señor, pero cabe alguna duda de que fuera él el autor del docuento.

Creo que sería útil señalar algunos datos cronológicos:

1508
Trithemius publica Poligraphia, su sistema de cifrado polialfabético sin clave.

1553
Giovanni Battista Bellasso publica su libro con la descripción de un sistema de cifrado que más tarde se atribuirá a Vigénere

1556
Se establece la Cifra General de Felipe II

1563
Giovanni Battista della Porta (que parece ser quien rompió la Cifra General, al servicio del Papa), escribe De Furtivus Literarum Notis, donde expone un método de cifrado por sustitución digráfica. Dada la italianidad del supuesto Sirturi, quizá su método tuviera algo que ver con este sistema, al que habría que echar un ojo, si es que se puede.

1577
Van Marnix descifra (o colabora a ello) los documentos que permiten conocer los planes de Felipe II para invadir Inglaterra desde Flandes.

1585
Blais de Vigenere publica su sistema de cifrado, similar al de Bellasso, y su método de Auto Clave.

1598
Muere Felipe II

1618
Sirtori, o Sirturi, publica su libro sobre el telescopio.

Es decir, que la Cifra General era inferior a otros sitemas ya existentes, como el de Bellasso-Vigènere, aunque probablemete fueran secretos de estado bien guardados

Ahora falta saber si el Sirturi astrónomo, siendo joven, ideó o copió un método de cifrado para ofrecérselo al rey de España. En ese caso, quizá el texto esté en italiano (el rey era políglota) y tal vez trate de astronomía y/o telescopios.

Por cierto, en el llamado texto Sertori se aprecian separaciones entre grupos de garabatos, que quizá podrían corresponder a espacios en el texto plano, debilidad de las debilidades. O quizá no. Por el contrario, si se usara un carácter "nulo" como separador, éste tendría mayor frecuencia que todos los demás, lo que explicaría -en parte- la anómala distribución de frecuencias de las letras de la primera transliteración.

Aunque no fuera ése el hombre, el nombre podría ser el mismo, y la firma podría ser válida, si es que se consigue encajarla.

Bona nit.